Angel Heart se déroule dans un monde parallèle à City Hunter. L'histoire débute avec Glass Heart, une jeune adolescente de 15 ans, formée pour être une machine à tuer au compte de la mafia taiwanaise. Celle-ci n'en pouvant plus de cette vie de tueuse décide de mettre fin à ses jours, mais pour sauver sa vie, cette organisation doit absolument lui trouver et lui transplanter un nouveau c½ur. Dans le même temps, le couple Ryo et Kaori devait se marier, mais malheureusement pour eux, Kaori décède dans un accident de voiture. On apprend que son coeur pourrait sauver la vie de quelqu'un d'autre. Au cours de l'acheminement du c½ur de Kaori pour une transplantation, son c½ur sera volé par la mafia taiwanaise afin que Glass Heart puisse de nouveau vivre grâce à ce c½ur. Celle-ci se réveille un an plus tard, mais étrangement, elle va ressentir tous les souvenirs de Kaori et les émotions éprouvées par Kaori. Elle décide de partir à la recherche de Ryo en semant une certaine pagaille sur son passage...