Natsume est un jeune garçon solitaire qui aime se balader dans la nature en évitant un maximum le contact avec les autres. Depuis tout petit, il possède un pouvoir qui le gène énormément, celui de voir les Yôkai de notre monde. Mais un jour, il libère un drôle de chat qui lui apprend que sa grand-mère, grâce à un carnet sacré, a signé un contrat avec les esprits. Il doit alors les libérer pour annuler ce contrat.