Rokujo Miharu est un garçon comme les autres, mais il a en lui une technique secrète très puissante appelée "shinrabansho" convoitée par de dangereux ninjas.
Kouichi Aizawa crée un club de ninja dont le professeur Kumohira est responsable, tous deux sont des ninjas qui cherchent à protéger Miharu des menaces qui pèsent sur lui. Ils le forcent à faire partie de leur club de ninja pour qu'il apprenne à se défendre afin qu'il devienne le seigneur de Nabari, le monde des ninjas.