Cette série d'OAVs fait suite à Stratos 4.
Sur la base d'interception de Shimojijima, Tachibana Mirei, Oaki Kiriko et Minomiya Mana arrivent pour remplacer Mikaze, Karin, Ayamo et Shizuha parties passer l'examen d'entrée dans la force spatiale d'interception. Mais voilà, nos 4 héroïnes ont raté leur examen et sont de retour sur la base. En effet un tout nouveau système d'interception automatique des météorites a été mis en place. De plus le QG des forces d'interception a confisqué le Stratos 4 ! La pente est rude pour les hommes (et les femmes) sous les ordres du Capitaine Reynold...
Arriveront-ils à redresser la tête et rendre son honneur à la base de Shimojijima ?